El problema de los fertilizantes orgánicos, es que hay una mala sincronización entre la disponibilidad de nutrientes y la demanda de los cultivos. Esto porque los fertilizantes orgánicos liberan sus nutrientes lentamente y no necesariamente en los momentos en que los cultivos los requieren. Esto significa que el cultivo de café orgánico es más lento porque los nutrientes tardan en liberarse, lo que ralentiza la tasa de crecimiento de la planta. El uso de fertilizantes inorgánicos en cambio, permite un crecimiento más rápido de las plantas porque se modifica para mantener un mayor rendimiento. Los fertilizantes inorgánicos deben comprarse pero se pueden usar menos fertilizantes inorgánicos porque están más concentrados que los orgánicos.
Los agricultores pueden optar por combinar fertilizantes orgánicos e inorgánicos, lo que parece maximizar el rendimiento de las tierras cultivadas y, por lo tanto, disminuir la necesidad de una mayor expansión de las tierras agrícolas. Una alternativa que está surgiendo con fuerza es la vermicultura. El cultivo de lombrices con el objetivo de aumentar el número de lombrices y utilizarlas en la degradación de los desechos orgánicos y convertirlos en ricos fertilizantes y acondicionadores de suelos. Este proceso se conoce como vermicompostaje.