​A pesar de ello, el sector cafetero burundés se enfrenta a numerosos retos. La mala salud de los suelos y el mantenimiento inadecuado de los cafetos se traducen en rendimientos bajos e irregulares. La producción también se ve amenazada por el cambio climático, que aumenta la frecuencia tanto de las sequías como de las lluvias torrenciales, con el consiguiente aumento de la erosión del suelo. Mientras tanto, las malas prácticas de procesamiento reducen la calidad y el precio de gran parte del café de Burundi, y el engorroso entorno empresarial y político del país lo hace menos atractivo para los exportadores mundiales.

​Este fenómeno también ocurre a nivel de finca. Por ejemplo, el caficultor ya no quiere los 0.2 USD/LB que le ofrece Fair Trade, sino que quiere un trato directo y ético con el importador de microlotes que le pagará 4 USD/LB o más. También pagar por la inspección de cafés orgánicos ha perdido el sentido, con el cambio climático hay zonas de cultivo donde no llueve por meses/años, y el caficultor debe utilizar fertilizantes químicos, de otra manera pierde la cosecha.